因马尼拉王城尚未攻占下来，所以南居益将自己的临时总督府设在了甲米地这个军港，一是离马尼拉战场距离适中，二是作为海岛与军港，不用太操心安全问题，毕竟马尼拉附近几乎没什么大明人，小心一些不是什么大错。

马尼拉王城内的菲律宾都督恩滕扎等大弗朗机人，当看到大明又来了数量庞大的船队后，本就动摇不定的心，现在变得更加的动摇。

他们远渡重洋过来，不全是为了什么开疆拓土的，而更重要的是为了开展瓷器、茶叶与香料贸易的。

在杨嗣昌等人到达马尼拉的第二天，恩滕扎与马尼拉皇家审问院及主教经过一番强烈争吵后，最终在不可能扭转局势的现实面前，选择了高举白旗投降。

但是，在投降待遇上，双方来来回回争吵了三轮之后，依然在根本原则上没有达成一致。

大弗朗机人的条件是：他们可以撤出马尼拉王城与吕宋岛，但吕宋岛南部诸岛屿依然归属于大弗朗机，同时允许他们带着军械钱粮平安撤出吕宋，并允许大弗朗机舰队前来接他们南下。

朱由校在收到吕宋捷报的时候，就担心文官们为了所谓的大局与以德报怨，从而礼送这些连续犯下屠杀大明侨胞的刽子手，在行人司南下广东送旨意的时候，专门让锦衣卫千户卢剑雨带着一个百户所同行。

朱由校派卢剑雨前往吕宋，除了给他朱由校送密信外，还让他在吕宋组建锦衣卫千户所，负责吕宋与南洋群岛的军情刺探之事，顺便监督吕宋总督府的所有官员。

朱由校给南居益的密信中，除了强调大弗朗机人只能接受无条件投降外，还要公开审判当年参与吕宋大屠杀的大弗朗机人及助纣为虐的土着。

与此同时，还要南居益实施以汉民取代土着的计划，简单点来说，那就是除了直接的大屠杀外，可以采取任何手段削减土着人口，同时增加汉民数量。

双方投降条件差距实在太大，加上此时的大弗朗机人自负惯了，所以谈判进行了三轮之后，双方继续回到了之前的对峙状态。

对于双方僵持在马尼拉王城的状态，南居益也不急于进攻，而是按照朝廷与皇帝的要求，开始有序组建吕宋总督府与两个府的地方官僚建制。

各级主要官员基本都是朝廷任命，但吏员则是直接招募之前积极协助明军攻占吕宋给第的侨民。