然而，若将九边军镇驻兵投放到三受降城，无疑使长城一线防御空虚，倘若土默特，喀喇沁等产生异心，很容易长驱直入杀进京师。

朱由校结合周礼军制和乡官制：乃会万民之卒伍而用之，五人为伍，五伍为两，四两为卒，五卒为旅，五旅为师，五师为军...联合大明常备军营兵制的营部司队伍编制做出改变。

五人为伍，五伍为队，四队为司，五司为部，五部为营，三营为旅，五营为师，三师四旅为军。

形成军师旅营部司队伍的新制度，统领两千五百人的营为中位数，各军下设工程营，辎重营，炮营，全营设坐营中军官。

在三受降城驻扎步骑炮三营，每城驻扎七千五百人，三城驻兵高达两万余人，设旅帅。

组建天德军，振武军，两军分别设置两支骑兵营，两支步兵营，一支炮兵营，每军一万两千五百人，各设旅帅一名。

天德军协助镇守三受降城，振武军协助镇守东胜卫。

同时改变万历朝以来边防重镇戎兵现象，尤其是京营，新军，边军所在的北军高达百万。

东北劲敌建奴亡国，西面套寇覆灭，仅剩漠南，漠北部分汗国，必须对边防重镇驻兵数量做出调整。

大宁行都司地理位置特殊，东为辽东都司相连，西为北平都司开平卫、宜兴守御千户所辖地，南隔长城与北平都司密云诸卫相望，北部潢河以北为蒙古部落居地，

为震慑蒙古，辽东诸部，在大宁驻五师五旅，共计四十营，十万精锐。

辽东，蓟镇，宣府，大同，山西，固原六镇，每司镇驻扎三师两旅，二十一个营，每镇五万两千五百精兵，一司六镇共计三十一万五千精兵。

延绥，宁夏，及产盐的花马池，各驻扎两师一旅，十三个营，每镇三万两千五百人，三镇共计九万七千五百精兵。

西北重镇甘肃镇，驻扎四支军队，四十个营，甘肃镇驻扎十万人。

使东起辽东，西至甘肃漫长的北疆防线，囊括三受降城体系，常年保持在六十余万精兵。