乾元九年冬，刘裕率军戍守句章城。

孙恩频繁进攻句章城，每次都被刘裕击败。

孙恩北击海盐县，刘裕跟踪追击，在海盐县城旧址筑起城池。

起义军连日攻城，城内兵力空虚，刘裕就挑选数百人组成敢死队，都脱掉盔甲，手持短兵器，击鼓呐喊冲出城。

起义军遭到震慑，士气大丧，丢盔卸甲逃散，大帅姚盛被斩。刘裕虽然连战连胜，但考虑到众寡悬殊太大，于是假装弃城而逃，诱使起义军蜂拥进城。他趁其懈怠，发兵伏击，大败义军。

孙恩转进渡海，准备突袭丹徒（今江苏镇江），聚集部众达十余万。刘牢之还驻山阴，京师震动。刘裕闻讯，日夜兼程，与起义军同时抵达丹徒。

当时起义军和北府军众寡悬殊，又加上长途急行军十分疲惫，而丹徒守军又无斗志。孙恩率兵数万，攻打蒜山，遭刘裕部猛攻而大败，跳崖投水而死者甚众。

东晋朝廷加刘裕为建武将军、下邳太守。

乾元十年春刘裕率领水军追击至郁洲，又大败孙恩，迫使其南逃。

刘裕在海盐再度击败孙恩。自此，他三战三捷，俘虏义军数以万计，而义军遭遇“饥馑疾疫”，死亡过半，从浃口撤至临海。

孙恩畏惧被擒，于是在临海（治章安，今浙江临海东南）投海而死。

孙恩起兵，消耗了晋廷兵力，造成京防空虚，这给盘踞长江上游军事重镇荆州、虎视三吴的桓玄以可乘之机。

而北方燕国在不断的积蓄兵马粮草……

孙恩死后，余众推其妹夫卢循为主。卢循率义军残部南下，攻占永嘉（治永宁，今浙江温州）、晋安（今福建福州）等地。

东晋为安抚地方，任卢循为永嘉太守。卢循表面应允，但仍不断进攻沿海郡县。