孙恩趁着民心怨愤动荡，从海岛率领徒众击杀上虞县令，随即进攻会稽郡。会稽内史王凝之，是王羲之的儿子，他家世代信奉天师道。敌军打来时，他不调军队，也不布置防御，每天在道堂里磕头念咒。下属官员请求出兵讨伐孙恩，王凝之说：“我已经祈求大道，借来数万鬼兵把守各处渡口要道，贼人不值得担忧。”

等到孙恩大军逼近，他才准许调兵，可孙恩已经兵临会稽城下。

甲寅日，孙恩攻克会稽，王凝之出城逃跑，被孙恩擒获杀害，他的几个儿子也一同被杀。

王凝之的妻子谢道韫，听闻贼兵杀来，举止镇定如常，吩咐婢女抬着轿子，自己拔刀出门，亲手斩杀好几人，之后才被叛军捉住。

吴国内史桓谦、临海太守新秦王崇、义兴太守魏隐全都丢下郡城逃走。这时会稽谢鍼、吴郡陆瑰、吴兴丘尪、义兴许充之、临海周胄、永嘉张永，以及东阳、新安一共八郡百姓，同时起兵，杀死本地官吏响应孙恩，十天之内，叛军达到几十万人。

吴兴太守谢邈、永嘉太守司马逸、嘉兴公顾胤、南康公谢明慧、黄门郎谢冲、张琨、中书郎孔道等人，都被孙恩的党羽杀害。谢邈、谢冲，都是谢安的侄子。当时三吴地区长久太平，百姓不熟悉作战，因此各郡县守军望见叛军就四散溃逃。

孙恩占据会稽，自封征东将军，逼迫当地士大夫担任自己的属官，称呼手下徒众为 “长生人”。百姓有不愿归顺他的，连婴儿孩童一同诛杀，遇害的人占到十分之七八。他把各县县令剁成肉酱，逼迫他们的妻儿吃下，不肯吃的，就肢解处死。

叛军所到之处劫掠财物，烧毁城郭房屋、粮仓府库，砍伐树木、填塞水井，裹挟百姓一同聚集到会稽；妇女带着幼儿无法随军逃亡的，叛军就把孩子扔进水里，说：“恭喜你先登上仙堂，我们随后就来与你相会。” 孙恩上表朝廷，罗列会稽王司马道子和世子司马元显的罪状，要求朝廷诛杀二人。

自从晋安帝登基以来，朝廷内外势力分裂对峙：石头城以南地区都被荆州、江州藩镇掌控，石头城以西归豫州割据，京口与长江以北则由刘牢之和广陵相高雅之管辖，朝廷真正能直接管控的，只有三吴一带。

等到孙恩起兵作乱，八郡全部落入孙恩手中，京城周边各县，盗贼遍地兴起，孙恩的党羽还有潜伏在建康城内的，朝野人心惶恐不安，时常担心叛军暗中起事，于是全城内外紧急戒严。

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