桓玄：由广州刺史改任江州刺史，镇寻阳，掌控长江中游咽喉，分得大量荆南郡县；

殷仲堪：保留荆州刺史，但失去江州属地，势力收缩江陵；

杨佺期：提拔为雍州刺史，都督梁雍秦三州，镇襄阳，分割荆州北部兵权，制衡殷仲堪、桓玄；

京口：刘牢之代王恭，都督兖、青、冀、幽、并、徐、扬州晋陵诸军事，北府兵彻底脱离高门，寒门武将掌控下游最强兵力；

豫州：司马尚之接任豫州刺史，宗室收回历阳兵权，解决庾楷叛乱隐患。

荆、江、雍、豫四大军事集团互相猜忌、互相牵制，无一人愿意抽调兵力北上收复淮北，全部精力放在江东、荆州权力争夺上，淮北失地直接被东晋朝堂搁置，放弃收复。

叛乱虽平，但是裂痕已经埋下。

高门藩镇衰落，寒门武将崛起 太原王氏王恭败亡，京口北府从高门附庸转为寒门独立势力（刘牢之、刘裕等武将登上政治核心舞台），打破王、谢、桓、庾四大家族垄断兵权的格局。

桓氏势力全面复苏，埋下桓玄篡晋伏笔 桓玄获得江州重镇，掌控荆扬水路，同时拉拢杨佺期、分化殷仲堪.

门阀共治体系瓦解 原本士族共治、互相制衡的门阀政治崩溃，转向军阀藩镇争霸。

数月过后乾元九年，三吴震动。

会稽王世子司马元显，性情严苛刻薄，随意决断生杀；他征发东方各郡原本由奴婢赦免而来的依附佃户，称作 “乐属”，把他们迁移到京城，用来补充兵役，东部百姓全都骚动不堪，深受其苦。