不久，杨佺期、桓玄抵达石头城，殷仲堪进驻芜湖。司马元显从竹里火速赶回京城，派遣丹杨尹王恺征调京城数万百姓驻守石头城抵御敌军。

杨佺期、桓玄上书为王恭申诉，要求诛杀刘牢之。刘牢之率领北府兵赶赴京城，驻扎新亭。

杨佺期、桓玄见到北府大军，心生畏惧，撤军驻守蔡洲。朝廷不清楚西部联军实力，殷仲堪数万大军逼近京城近郊，朝野极度恐慌。

左卫将军桓修是桓冲之子，向司马道子献策：“西部联军可以离间瓦解，我清楚他们内部矛盾。殷仲堪、桓玄联军原本依靠王恭，王恭败亡，众人军心动摇。

如今用厚利拉拢桓玄与杨佺期，二人必然心中欢喜；桓玄可以牵制殷仲堪，还能鼓动杨佺期倒戈攻打殷仲堪。”

司马道子采纳计策，任命桓玄为江州刺史。征召郗恢入朝担任尚书，任命杨佺期接替郗恢，都督梁、雍、秦三州军务、雍州刺史。

任命桓修担任荆州刺史，暂且带领左卫兵马赴任，命令刘牢之派遣一千士兵护送桓修。贬殷仲堪为广州刺史，派遣殷仲堪叔父太常殷茂宣读诏书，勒令殷仲堪撤军。

殷仲堪接到贬官诏书勃然大怒，催促桓玄、杨佺期继续进兵。桓玄、杨佺期十分满意朝廷新任命，想要接受官职，迟疑不定。

殷仲堪得知，立刻从芜湖向南撤军，派人通告蔡洲驻军：“你们如果不各自解散回家，我回到江陵之后，诛杀你们全部家属。”

杨佺期部将刘系率领两千人先行西撤。桓玄等人恐惧，慌忙向西退兵，追到寻阳追上殷仲堪。殷仲堪失去荆州职位，需要依靠桓玄、杨佺期支援；桓玄二人也需要殷仲堪兵力，虽然互相猜忌，形势迫使他们联合。

三方交换子弟为人质，壬午日，在寻阳结盟，一同拒绝朝廷诏令，联名上书为王恭鸣冤，要求诛杀刘牢之与司马尚之；同时申诉殷仲堪无罪，不该单独遭到贬黜。

东晋朝廷十分忌惮联军，天下骚动。

东晋朝廷撤销桓修荆州任命，把荆州归还殷仲堪，颁布温和诏书安抚调停，殷仲堪等人这才接受诏令。御史中丞江绩弹劾桓修一心谋求私利，误导朝廷，朝廷下诏免去桓修官职。