至元元年（1264 年）正月，阿里不哥遣使乞降。秋七月，阿里不哥与玉龙答失、阿速带、昔里吉至京师入见忽必烈。忽必烈与阿里不哥相见而泣，随后忽必烈诛杀了孛鲁欢、忽察、秃满、阿里察、脱忽思等十数人。

至元三年（1266 年），阿里不哥卒于大都。他的次子药木忽儿于大德三年（1299 年）封永定王，大德九年改为威定王，至大元年进封定王，卒于至大三年。

阿里不哥与忽必烈的争位之战是蒙古国分裂的标志，也是黄金家族内部斗争白热化的表现。这场内战从发端到平息历时四年之久，战火燃遍大漠南北、关陇秦川、河西走廊以及天山、昆仑山一带。

蒙古帝国分裂是多种因素综合作用的结果，主要包括以下几方面：

1. 政治权力争夺：

成吉思汗的权力分配：成吉思汗将大片领土分封给四个儿子，老大术赤、老二察合台、老三窝阔台、老四拖雷都有了自己的领地，这虽然在一定程度上巩固了蒙古的初期统治，但也为日后的分裂埋隐患。窝阔台虽继承大汗之位，但拖雷掌握了大部分军队和成吉思汗的大部分遗产，导致大汗权力受到制约，各支系势力逐渐壮大后，便有了与大汗分庭抗礼的资本。

汗位继承纷争：

窝阔台死后，其遗命是让孙子失烈门继承汗位，但他的妻子乃马真后却想让自己的儿子贵由出任大汗，这引发了内部的权力斗争和不同势力的反对。贵由上台后，与术赤系的领袖拔都矛盾公开化，使蒙古帝国的内部矛盾进一步加剧。

贵由汗死后，拖雷家族在术赤家族的支持下，让拖雷的长子蒙哥出任大汗，这引起了窝阔台家族的不满。蒙哥汗对窝阔台家族进行了清洗和镇压，但也使得窝阔台系和察合台系的势力与中央政权的矛盾更加不可调和。

蒙哥汗在钓鱼城去世后，他的两个弟弟忽必烈和阿里不哥展开了汗位争夺。忽必烈在开平称汗，阿里不哥在和林称汗，双方爆发内战。这场内战不仅使蒙古帝国东部陷入分裂，西部的旭烈兀和术赤家族的别儿哥也因宗教等问题爆发冲突，蒙古帝国彻底陷入混乱。