地下研究所内发生的前部分经过与张定珊口述的大致相同，不同之处在于，李启明脑海中存有地下四层和五层的相关信息。地下四层和地下五层只能通过研究所中间的暗门进去，或者利用连接地面的便捷通道进入。李启明在地下四层用活人圈养实验体，有时还让小爱前往四层展示异能。小爱的异能乃是从母亲那里继承而来的隔空撕裂，在无意识的情况下撕裂活人时，由于威力过于强大，常常会把活人的灵魂也撕裂出体外，使其成为四处飘荡的游魂。
带有怨气的游魂是能够伤害他人的，跟随李启明的特战队员往往会被游魂侵入身体，变成痴傻的躯壳，而后也被李启明推进变异体群中充当养料。
地下四层的变异人不断增多，游魂的数量也与日俱增，李启明为缓解地下空间压力，曾打开地面铁盖放出许多，结果却是，凭借研究所的力量根本无法阻止变异人到处捣乱。那时放出变异人完成体之后，李启明后悔得肠子都青了，变异人和游魂四处伤人，搞得他连研究都无法进行，只能躲进地道避难。他派出一些队员出去打探情况，却都有去无回。大量的村民也因畏惧研究所的恐怖，纷纷搬离到外围生活。
混乱的局面持续了很长一段时间，张定珊用母爱引导天真的小爱，召唤傀儡子虫变异人回归到了地下研究所内，不去惊扰外面的普通居民。
经过一番教训，李启明让人加固了研究所的出入铁门，窗户换成防弹玻璃，地下四层和五层的暗门和外部铁盖也没有轻易打开过。
随着小爱渐渐长大，识了字、明了理、看过外界的花草树木，逐渐能够分辨是非善恶。她渴望与自己的父母以及子虫载体前往外界生活，摆脱那个如同地下黑洞般的研究所。
李启明的警觉意识超乎常人，察觉到李忠平一家三口经常探讨的异常举动后，提前备好销毁研究所的汽油，并下达了一系列销毁重要资料的命令。
八五年六月，晚八点，李启明和小爱一家人发生了正面冲突。先是李忠平被李启明杀害，紧接着张定珊和小爱带领女魅、变异人、大量血尸、干尸里应外合，迅速控制了研究所及其周围片区。李启明借助山洞暗道逃出村外请求支援，可那时姜家大姐的处境极为艰难，一方面被关押审查中，另一方面还要医治病变，根本无暇顾及 YR2 研究所的混乱局面，让他自己解决问题。
李启明孤注一掷，给自己注射了各种能量液。说来也巧，众多普通人都未能在实验中成功，而李启明的身体一次性就承受住了能量液的细胞改造，从而拥有了一各种异能。李启明运用心灵控制，令张家正常异能者以及外面的特战队、警备队与张定珊和小爱展开了殊死搏斗。
整整一个晚上，双方伤亡惨重，研究所周围的房屋建筑毁坏不堪。
张春阳心系普通人的性命，不愿让这场毫无意义的争斗波及外界，带领自己的亲信族人，引爆了早些时间在外围边界安置的炸弹，炸出了一条绵延千米的隔离沟壑。张家土系异能者齐心协力又筑起了一道红砖墙，算是为凤凰村做出的最后一点贡献。
心灵幼小的小爱，无法掌控体内强大的傀儡虫力量，在心急暴怒之下释放了所有傀儡能量。巨大的撕裂气息席卷而来，当时的爆炸场面堪比一颗小型导弹。在场的活人、女魅、变异人、血尸、干尸瞬间被撕裂成尘埃碎片。那些活人被撕裂后，灵魂全部被击出体外，飘向远方。
李启明被小爱的力量吓得胆战心惊，炸伤的身体恢复些许知觉后，从地洞一点点爬出了村外。那时年轻的编外人员张春生和姜泽啸想要过来查看情况，发现了重伤的李启明，便背着他离开了凤凰村。
李启明的脑海中还有一些记忆，比如曾经多次隐身潜回 YR2 研究所，带回去的能量液对普通人毫无作用。京城张家和姜家大姐的李家闹翻之后，不再提供异能子弟参与这种害人的研究，致使李启明一直在苦苦寻找合适的实验对象。
还有此次前来，李启明暗自带来了五名唯命是从且实验成功的隐形异能者，就连研究所都毫不知情。张春生在地下三层翻阅到了极为重要的机密文件，上面记载了 YR2 研究所研发的变异人竟是用来刺杀当年朝廷的胡、邓、叶、陈、赵五位元老的。按理来说，张春生是站在研究所这边的，却因大骂李启明是东华罪人，最终被灭口。
读取了过多的信息，原本就虚弱的我，此刻脑袋愈发疼痛起来。拖着疲惫不堪的身躯，我朝着金子和胖子休息的帐篷走去。
胖子没有参与后来的任务，因而精神状态极佳，能吃能睡，好不快活。金子的恢复速度更是惊人，从被打飞打散到如今仅仅一个小时，就已经跟个没事人一样，正绘声绘色地给胖子讲述在地下的种种遭遇。
他俩见我走进帐篷，看到我脸色难看，金子连忙劝我别操心太多，说道：“来这个破村折腾成这样，差点把命都丢了，你已经做得够意思了，休息，休息。”
我让胖子帮我喊张天博和张天威来这里，我有一些事安排，很重要。胖子二话不说去喊俩堂哥。
我是半睡半醒之间交代了一些事情，张定珊和小爱的解决办法我已经想好了，等我恢复精神就可以搞定；张海珠和张青云不要去打搅，她们是研究所的棋子，张家没必要难为她们；李启明现在已经不是人了，要赶紧除掉，免得再生事端；后面一句话听得金子和胖子直乐，我说的是“你们害我不浅，得加钱……”
张天博知道我出力不少，说道：“加钱不成问题，你好好休息，等等等等。”巴拉巴拉了一堆，我已经沉沉睡去了。